W modelu Agera i bardziej wydajnym Agera R, zmieniono głównie elektronikę silnika. Użyto także nanotechnologii na powierzchni tulei cylindrowych dla zmniejszenia tarcia (a tym samym zużycia paliwa).
Do modyfikacji można także zaliczyć na nowo opracowany przez Öhlins Racing układ zawieszenia. Ogranicznik prędkości obrotowej silnika podwyższono z wartości 7250 na 7500 obr./min, a moc podniesiono z 940 KM na 960 KM.